L'elettromiografia è una procedura fastidiosa ma generalmente tollerata. Gli strumenti che vengono utilizzati sono stati progettati in modo da prevenire rischi per il paziente, per esempio limitando l'intensità massima degli stimoli durante le velocità di conduzione ed isolando gli amplificatori dalla rete elettrica.
E' tuttavia bene sapere che esistono due casi in cui l'elettromiografia potrebbe essere rischiosa.

1. Portatori di pacemaker (o dispositivi similari, es. cardiovertitori o defibrillatori): l'esecuzione delle velocità di conduzione, in teoria, potrebbe interferire con il funzionamento del pacemaker, per esempio nel caso in cui stimoli particolarmente intensi possano essere rilevati come attività elettrica cardiaca anomala. La letteratura scientifica non riporta casi di malfunzionamento di pacemaker durante l'esecuzione di velocità di conduzione standard, tuttavia l'esecuzione dell'esame in pazienti portatori di pacemaker dovrebbe essere accuratamente ponderato alla luce del rapporto rischio/beneficio.
2. Rischio emorragico: è normale che l'elettromiografia ad ago produca piccoli sanguinamenti ed eventuali lividi, che non determinano nessun rischio e si risolvono spontaneamente. Pazienti con alterazioni della coagulazione possono incorrere in sanguinamenti più importanti, che in rari casi possono determinare delle complicanze (es. sindromi compartimentali, ovvero il danno del muscolo che rimane compresso dallo stesso sangue che si accumula al suo interno). I pazienti con alterazioni della coagulazione (es. emofilia, grave insufficienza epatica, terapia con anticoagulanti) possono comunque sottoporsi all'esame, tuttavia è importante informare il medico che potrà meglio valutare quali muscoli esaminare e con che modalità utilizzare l'ago. Si ricordi che le terapie antiaggreganti piastriniche (es. Cardioaspirin, Ascriptin, Tiklid, ecc.) non sono state associate ad aumentato rischio emorragico in corso di elettromiografia, pertanto i pazienti che assumono questo tipo di terapie (peraltro molto utilizzate), non è necessario che seguano precauzioni particolari.

Si ricorda infine che tutti gli aghi oggi utilizzati per eseguire l'elettromiografia ad ago o le velocità di conduzione (tranne gli aghi per lo studio di "singola fibra") sono usa e getta, per cui non sussiste alcun rischio infettivo per trasmissione da paziente a paziente. Non sono riportati in letteratura casi di infezioni a seguito dell'uso dei suddetti aghi usa e getta.

Le informazioni qui riportate sono state tratte dagli articoli "Iatrogenic complications and risk of nerve conduction studies and needle electromyography" di Amer Al-Shekhlee et al., pubblicato sulla rivista "Muscle and Nerve" nel 2002 [estratto] e "Complications of needle electromyography: hematoma risk and correlation with anticoagulation and antiplatelet therapy" di S.L. Lynch et al., pubblicato sulla rivista "Muscle and Nerve" nel 2008 [estratto]