L'elettromiografia è una procedura fastidiosa ma generalmente tollerata. Gli strumenti che vengono utilizzati sono stati progettati in modo da prevenire rischi per il paziente, per esempio limitando l'intensità massima degli stimoli durante le velocità di conduzione ed isolando gli amplificatori dalla rete elettrica. È tuttavia bene sapere che esistono alcuni casi in cui l'elettromiografia potrebbe essere rischiosa.

1. Portatori di pacemaker: non esistono evidenze scientifiche per cui le velocità di conduzione possano determinare malfunzionamento di pacemaker o defibrillatori cardiaci ("implanted cardiac defibrillators"). L'esecuzione delle velocità di conduzione, in teoria, potrebbe tuttavia interferire con il funzionamento di stimolatori cardiaci, per esempio nel caso in cui stimoli particolarmente intensi vengano rilevati come attività elettrica cardiaca anomala. Sebbene la letteratura scientifica non riporti casi di malfunzionamento di pacemaker durante l'esecuzione di velocità di conduzione, l'esecuzione dell'esame in pazienti portatori di pacemaker dovrebbe essere accuratamente ponderata alla luce del rapporto rischio/beneficio (Al-Shekhlee, 2003). Il rischio sembra essere maggiore per i pacemaker monopolari, che però con l'introduzione dei pacemaker bipolari sono diventati meno diffusi (Cronin, 2012). Nel caso in cui l'esame sia effettivamente necessario, in molti laboratori al paziente è richiesto di presentare una dichiarazione cardiologica circa la non controindicazione all'esame oppure che il pacemaker (se possibile) venga disabilitato per la durata dell'esame.
2. Rischio emorragico: è normale che l'elettromiografia ad ago produca piccoli sanguinamenti ed eventuali lividi, che non determinano nessun rischio e si risolvono spontaneamente. Pazienti con alterazioni della coagulazione possono incorrere in sanguinamenti più importanti, che in rari casi possono determinare delle complicanze (es. sindromi compartimentali, ovvero il danno del muscolo che rimane compresso dallo stesso sangue che si accumula al suo interno). I pazienti con alterazioni della coagulazione (es. emofilia, grave insufficienza epatica, terapia con anticoagulanti) possono comunque sottoporsi all'esame, tuttavia è importante informare il medico che potrà meglio valutare quali muscoli esaminare e con che modalità utilizzare l'ago. Si ricordi che le terapie antiaggreganti piastriniche (es. Cardioaspirin, Ascriptin, Plavix, ecc.) non sono state associate ad aumentato rischio emorragico in corso di elettromiografia, pertanto i pazienti che assumono questo tipo di terapie (peraltro molto utilizzate), non è necessario che seguano precauzioni particolari (Lynch, 2008). L'uso dei nuovi anticoagulanti orali (es. Pradaxa, Eliquis, Xarelto, Lixiana) comporta un rischio emorragico minimo, simile a quello degli anticolagulanti orali tradizionali (Coumadin, Sintrom) (Elanagan, 2019).
3. Rischio infettivo: tutti gli aghi oggi utilizzati per eseguire l'elettromiografia o le velocità di conduzione sono usa e getta, per cui il rischio infettivo infettivo determinato dalla trasmissione di agenti patogeni tra pazienti è sostanzialmente nullo. Il medico e il tecnico indossano guanti monouso durante l'uso degli aghi.
4. Linfedema: pazienti con alterato drenaggio linfatico sviluppano edemi diffusi e sono a maggior rischio di sviluppare infezioni del tessuto sottocutaneo (cellulite) a seguito dell'introduzione di aghi, sebbene non siano riportati casi in letteratura. In questi pazienti l'uso degli aghi viene di solito limitato al minimo indispensabile. Per quanto riguarda le velocità di conduzione, va ricordato che la stimolazione dei tronchi nervosi e la registrazione delle risposte in territori corporei edematosi (anche in caso di edema di origine non linfatica) è spesso difficoltosa e potrebbe determinare falsi positivi, ovvero il riscontro di alterazioni (spesso danni di tipo assonale da ridotta ampiezza delle risposte) in presenza di nervo normale, a causa della insufficiente stimolazione del tronco nervoso o dall'eccessiva lontananza degli elettrodi registranti dal nervo o muscolo (American Association of Neuromuscular & Electrodiagnostic Medicine position statement).
5. Stimolatori cerebrali (deep brain stimulators): pazienti con disordini del movimento, soprattutto malattia di Parkinson, possono essere portatori di impianti di stimolazione cerebrale profonda. Sebbene non siano pubblicati studi a riguardo, esiste il potenziale rischio che durante lo studio elettromiografico uno stimolo elettrico possa raggiungere gli elettrodi e quindi determinare una stimolazione cerebrale accidentale. Sebbene non esistano raccomandazioni sul rischio dell'esecuzione di studi elettromiografici in pazienti con stimolatori cerebrali, il rapporto rischio/beneficio va valutato nei singoli casi (American Association of Neuromuscular & Electrodiagnostic Medicine position statement).
6. Gravidanza: non sono riportate controindicazioni all'esecuzione di studi elettromiografici (sia elettromiografia ad ago che velocità di conduzione che potenziali evocati) in donne gravide (American Association of Neuromuscular & Electrodiagnostic Medicine position statement).